在病毒学领域,来自中国科学院生物物理研究所饶子和院士的研究小组与牛津大学等单位的科学研究人员经过多年紧密合作于2014年10月19日在 Nature杂志上在线发表题为Hepatitis A virus and the origins of picornaviruses的论文,详细阐述了甲型肝炎病毒的独有的结构特性、极强的稳定性、特殊的脱衣壳机制和进化关系。文章中研究人员报告称,获得了成熟的HAV病毒和空病毒颗粒的高分辨率X射线结构。他们发现除了空病毒颗粒的内部有少许无序,基本无法区分两种病毒颗粒的结构。完整的病毒包含有效病毒蛋白VP4,而空病毒颗粒则只包含未裂解的前体VP0。光滑的病毒颗粒表面缺乏对应受体结合位点的凹陷。肽扫描数据扩展了以往报道的VP3抗原位点,基于结构的预测结果表明还有更多其他的表位。研究人员证实HAV不具有任何的口袋因子(pocket factor),能够显著耐受高温和低pH,而空病毒颗粒比完整病毒更加强有力。病毒脱壳是病毒与宿主细胞识别作用后,病毒壳构象发生变化以方便病毒基因组进入宿主细胞的重要过程。结果显示这一病毒有可能通过了一种新型机制脱壳。基于结构的系统进化分析结果显示HAV处于“现代”的小核糖核酸病毒和更为 “原始”前体昆虫病毒之间。HAV保留了通过胞吞作用在细胞间传播的能力。
科学普及
中国机构CNS月报(2014年10月)
目录
一、导语
自然系列期刊在2012年的论文统计显示,发文140篇论文的中国科学院超过日本东京大学排名亚洲机构第一位,这也是Nature Index统计以来中国科研机构首次排名第一,反映出中国顶尖科研机构在数量上领跑亚洲。据生物探索统计,2014年10月份中国科研机构在 Nature、Cell和Science三大系列期刊的总发文量是72篇,比上月高出16篇。
在生物学领域,三大期刊(Cell、Nature和Science)及其子刊,简称CNS,倍受中国研究人员推崇,他们希望凭借CNS在学术界的威望将中国尖端、前沿的研究成果向全世界传达。这些研究动态代表了中国科研机构的最高水平。生物探索希望对此进行统计,从发文成果追踪国内科研经费动向,便于生物医药圈内的研究人员和学生能够实时了解中国顶尖研究人员从事研究的领域和方向。
二、10月份中国机构CNS发文与学术领域热度
(饼状图表示期刊论文百分数)
2014年10月份中国研究机构在三大系列期刊共发表72篇论文,包括Cell系列38篇、Nature系列32篇和Science系列2篇,其中Cell主刊,Nature主刊以及Science主刊的发文量分别为1篇、4篇和0篇。
从发文比例上看,与上月相比,本月Cell系列期刊发文数量暴增了20篇;中国机构发表的论文一直处于上位的Nature系列期刊略低于9月;Science系列期刊发文数量为2篇,略高于上月。
从地区上看,大陆仍然是中国机构发表CNS论文的主体,台湾地区本月发文数量为4篇,略高于上月,香港地区发表文章数量为0篇,低于上月。
从学科领域上看,10月份,CNS发表的中国机构研究论文中,分子生物学领域(24篇)排在第1位,肿瘤分子学排在第二位,有13篇文章入列,细胞生物学有11篇文章入列,排在第三。
从学术热点上看, 在干细胞领域,我国科学家也有了重大的突破。10月19日,国际顶尖学术期刊《自然》在线发表了中科院上海生命科学研究院国家重点实验室曾艺研究团队领衔完成的研究成果,宣布首次发现了乳腺中的多能干细胞,“刷新”了由国外科学家在2011年发表在《自然》上的乳腺干细胞只存在单潜能性的理论。该研究成果以干细胞为切入点,为靶向治疗乳腺癌提供新思路、奠定了应用的基础。曾艺研究团队发现,成体乳腺器官中存在着未分化的干细胞,这些干细胞有着特异标记—蛋白C受体基因。他解释,成年人的乳腺中,竟然还藏着细胞界的“百变天后”—多能干细胞。这些能在乳腺发育过程中分化成所有乳腺细胞类型。而此前,科学界认为,乳腺干细胞仅仅具有单一分化潜能性质。
在病毒学领域,来自中国科学院生物物理研究所饶子和院士的研究小组与牛津大学等单位的科学研究人员经过多年紧密合作于2014年10月19日在 Nature杂志上在线发表题为Hepatitis A virus and the origins of picornaviruses的论文,详细阐述了甲型肝炎病毒的独有的结构特性、极强的稳定性、特殊的脱衣壳机制和进化关系。文章中研究人员报告称,获得了成熟的HAV病毒和空病毒颗粒的高分辨率X射线结构。他们发现除了空病毒颗粒的内部有少许无序,基本无法区分两种病毒颗粒的结构。完整的病毒包含有效病毒蛋白VP4,而空病毒颗粒则只包含未裂解的前体VP0。光滑的病毒颗粒表面缺乏对应受体结合位点的凹陷。肽扫描数据扩展了以往报道的VP3抗原位点,基于结构的预测结果表明还有更多其他的表位。研究人员证实HAV不具有任何的口袋因子(pocket factor),能够显著耐受高温和低pH,而空病毒颗粒比完整病毒更加强有力。病毒脱壳是病毒与宿主细胞识别作用后,病毒壳构象发生变化以方便病毒基因组进入宿主细胞的重要过程。结果显示这一病毒有可能通过了一种新型机制脱壳。基于结构的系统进化分析结果显示HAV处于“现代”的小核糖核酸病毒和更为 “原始”前体昆虫病毒之间。HAV保留了通过胞吞作用在细胞间传播的能力。
此外,如今风靡科学界的CRISPR技术也引起了中国科学家的关注。来自华东师范大学的研究人员通过将RNA直接注入到单细胞胚胎中,利用CRISPR/Cas系统构建出了多个基因突变的大鼠品系。这一重要的研究成果发布在的《Nature Protocols》杂志上。华东师范大学生科院生命医学研究所刘明耀教授和李大力副教授是这篇论文的共同通讯作者。文章报告称,研究人员通过将RNAs 直接注入到单细胞胚胎中,利用CRISPR/Cas系统构建出了多个基因突变的大鼠品系,证实在大鼠中Cas9能够高效地介导基因编辑,同时生成复合基因突变体模型。研究人员详细描述了逐步构建出基因敲除和基因敲入大鼠的程序。这一实验方案为我们提供了一份指南,如何来选择基因组靶点、合成导向RNAs、设计和构建同源重组(HR)模板载体、显微注射,以及在首建鼠(founder)和后代中检测突变及插入。从靶点设计到鉴别首建鼠只需要6周,其中不到 10天是真正的动手工作时间。
三、10月份城市&地区在CNS的论文和影响因子
从CNS论文影响因子看10月份北京以327.338分卫冕排行榜,从上图可以看出,上海以256.711分居第二,北京和上海的CNS论文影响因子领先其它城市&地区。
在2014年10月份,北京(17篇)和上海(18篇)是发表CNS论文较多的城市,而其它城市&地区发表CNS论文数都不多。另外,本期CNS实际发文量72篇。
对城市&地区的CNS影响因子统计,生物探索网站希望向用户提供关于地区研究水平的一项指数,让科研人员在从事各自研究领域的同时选择较高的研究平台和学术氛围。此外,由于论文来自不同的经费项目,因此城市&地区的CNS影响因子能从一个方面反映国家经费的分配比例。
四、10月份中国机构发文CNS的走势
对2014年1月至2014年10月中国机构发文CNS进行统计,数据表明:Nature及其子刊发表的中国研究论文数量处于高位,总计360篇,月最高发文量达到56篇。相比较而言,Science及其子刊发表一直处于中国研究论文数量的低位,总计15篇,其月最高发文量也仅为3篇,本月为2篇。Cell及其子刊共发表的文章数量为197篇,本月与上月比增加了20篇。
五、10月份CNS发文机构论文量统计
从10月份中国机构CNS论文榜单上看,排名前三的分别是中国科学院上海生命科学研究院、北京大学和中国科学院生物物理研究所。针对每个机构的发文量,超过1篇的研究机构是中国科学院上海生命科学研究院(6篇)、第二军医大学(5篇)、清华大学(4篇)、上海交通大学(4篇)、国立台湾大学(4 篇)、武汉大学(4篇)、北京大学(3篇)、中国科学院生物物理研究所(3篇)、复旦大学(3篇)、同济大学(3篇)、中国科学技术大学(2篇)、中山大学(2篇)、厦门大学(2篇)、北京师范大学(2篇)、中南大学(2篇)、华中农业大学(2篇)、军事医学科学院(2篇)。
在10月份CNS论文的统计数据中,发表CNS论文数量共72篇,其中,温州医科大学、亚洲大学、东北农业大学、河北农业大学、中国科学院青藏高原研究所、中国热带农业科学院、内蒙古农业大学、中国医科大学的CNS论文全都在近5年内。
六、10月份CNS论文通讯作者的项目数和经费
上海交通大学 1076.3 14
中国科学院合肥物质科学研究院
解放军医学院研究生院
清华大学
南开大学
上海交通大学医学院
对于2014年10月份中国机构发文CNS的84位通讯作者(统计量不完全),国家自然科学基金项目提供了详细的项目金额和数量(从1986年至 2015年)。中科院生物物理研究所的孙飞 以4351万元高举榜首,项目个数为 9个;华中农业大学的熊立仲以2152万元项目数为11个位居第二;中国科学技术大学的田志刚以1945万元项目数为13个居第三。
排名前10的通讯作者来自4个城市,分别是:北京(3位)、南京(3位)、武汉(3位)、合肥(1为)。其中,北京地区3位通讯作者位于项目金额榜前十位之内,这反映出北京位列10月份CNS中国机构影响因子之首的经费基础。
七、受关注的权威看法
王晓东:我对诺贝尔奖的感言
诺贝尔奖的季节,随着今天化学奖的颁发,花开花落般的过去。我们期待的:生物奖的钱泽南,物理奖的张首晟,和化学奖的邓青云,居然都没有实现。最不可思议的是颁给突破可见光衍射极限成像的化学奖,蹊跷的拉下了我们熟悉的聪明,美丽,勤奋,在此领域作出了最漂亮的工作,而又极具亲和力的庄小威,让我们老中情何以堪!
所以我今天早上听到化学奖的消息的最初反应是惊诧无语。然后是“这跟化学又啥关系?这奖对我们大众的生活与研究有啥影响?这奖没准儿让饶毅发,也许都能发的更靠谱!现在我们中国人有钱了,咱忽悠个富豪,发个比诺贝尔奖金还多的奖。诺贝尔奖不过百把万美金,在北京买房也就够个首付。这奖还经常仨人分,分下来也就二环内的一厕所,还是不带浴缸的!咱老中犯不着!”
我一番义正词严的吐槽,换来了太太嘴边一丝轻蔑的微笑。“看来你还是贼心不死。每到这几天,这觉就睡的不踏实。几年前是同行得,去年是师兄得,今年又是该得的没得。你还是自己想得!”。 我喃喃:“这奖感觉咋dei谁给谁呢。我劲儿早过了。奖我也也没少得。去年还得了求是奖。我最好的工作还在进行中吗,我有的是机会得,大不了我不玩儿了不行吗?不就是一game吗!”。说到这儿我一愣:对任何game,我们都可以选择当还是不当观众,但我们不能选择当还是不当运动员。要当运动员可没那么随意,我们不光要有竞争的实力,还必需遵守运动的规则。
诺贝尔科学奖就是科学奥运会的百米金牌。如果现代科学是人类文明史中最美丽的妇人,诺奖就是她项链上的珍珠。不能说它无瑕疵,但那也是瑕中之疵。它的百年传统和历届得奖者智慧的光辉,是唯一人类公认的最高奖。得诺奖不必是官二代富二代甚至诺二代(仅有居里,布拉格和康伯格除外),从坐在门前摇椅怀念过去光辉的80后到在试验台前熬着all nighter的20后,我们都有机会。这目前进行中的试验,结果就可能得!这是逆袭中的终极逆袭,是悍马中的广场大妈!诺奖就是我这样的身不高,貌不帅,无房无车无存款北漂的战歌!
“但我不能放歌,悄悄是别离的笙箫。夏虫也为我沉默,沉默是今晚的康桥!”过去我们只能无奈的挥挥手,告别与你我无关的云彩。而在今夜无眠的康桥的试验室里,有心和我们在一起的小威!而在世界各地的实验室中,有千千万万黑头发,黑眼睛,说中文的身影!
今夜我们无眠。因为我们终于不再irrelevant; 今夜我们无眠,因为我们拥有明天。
备注:作者王晓东为改革开放以来第一位中国大陆毕业在美国当选美国国家科学院院士的科学家。曾任美国德州西南医学中心生物化学讲席教授,自2004 年起任北京生命科学研究所所长,已全职回国工作。1990年代中期揭示细胞凋亡的分子机理、并发现线粒体具有产生能量以外的新的生物学功能–调控细胞死亡。
韩建:替李宁院士辩解,该让一部分科学家先富起来
院士李宁被抓,媒体一片嘘声,都是负面报道。我想替李宁申辩几句。不过,申辩的前提有两个:
(1)他的科技成果是真的。
(2)他没有乱花钱(买房子,找小三之类)。
如果这两个简单的条件满足,我认为李宁的问题很大程度是反应的是一些制度上的难题。这些问题包括:
(1)是否应该让一部分科学家先成为富翁?
(2)科学技术市场化的道路为什么不通?
我曾经写过一些文章探讨在中国技术转化的问题(参考相关博文),其中一个很大的问题就是科学家办企业的问题。科学家办企业一向被认为是歪门邪道,不务正业,甚至是腐败,捞钱。其实,科学家自己不去主动参与科技成果的转化才是真正浪费社会资源。难道科学家只有靠拿诺奖才能致富?奖励科技创新的应该是社会,是市场,而不是政府或者什么机构。如果科学家不亲身去参与转化,转化就很可能不彻底,无效率,甚至是失败。
我们应该提倡科学家去创业,去办公司。而且科学家的公司就应该是“空壳”的皮包公司,皮包里面就是知识产权。只有皮包里面装满了知识产权才能拿到社会资金 (风险投资,天使投资),才能有效地完成转化。媒体和政府不要去渲染和指责“科学家把国家经费做出的成果放到自己的公司去”, 这不是问题的本质。本质问题是如何才能打通科技成果市场化的道路,让科学家能放心大胆地走。
科学家如果没有正当的,光明正大的途径,那就只好自己摸着石头过河,而摸 着的石头很可能就砸在自己的头上。我不是说李宁院士的问题就真的如此,我并不了解详细情况(也不想成为调查组的成员),但是看到这么多批判他的媒体报道, 有点替他委屈。或许,他的本意就是希望他的科研成果能够快速,更快速地进入市场?
科学界的确有腐败,院士们也不只一个该抓。可是,我觉得李宁可能不是最该抓的,至少不是最先该抓的。
科学家的成功不能仅仅靠论文数来衡量,科学家的享受也不应该仅仅停留在精神上。没有社会化的,制度化的,市场化的奖励,科技创新就没有希望。
曹雪涛:我国医学投入巨大却鲜有世界性成果
近年来,我国在医学界投入巨大,但很少有世界性影响的医学研究成果。“在当前的医学前沿领域,我国有几个人占有一席之地?有几项研究成果是世界性的?”23日,在中日友好医院建院30周年《而立论坛》上,中国工程院院士、中国医学科学院院长曹雪涛的发问值得深思。
曹雪涛介绍,当前我国医学面临的主要问题包括:绝大部分临床诊疗技术是从国外引进的,能够造福患者的独创技术很少;大型医疗器械和药品绝大部分也是从国外进口或仿造的,具有自主知识产权的不多。
患者感到“看病贵”,主要是检查费高、药费高。以患者在医院经常遇到的核磁共振检查为例,在北京做一次需要费用约800元。了解到,目前我国大型医疗设备如CT和3T的核磁基本上被德国西门子、美国通用电气和荷兰飞利浦这三家国外厂家垄断。实际上,“大医院购买的核磁共振机等大型设备招标,几乎没有国产品牌来投标,因为国内的相关产品还不入流。”一家三甲医院的放射科主任说。
我国有大量的患者人群,有巨大的国家财力投入,为什么先进的医疗技术、好药品、好医疗器械几乎都要靠进口、仿造?有医学界专家认为,因为当前大小病患者都涌进大医院,本该解决疑难杂症、引领医学研究的大医院的医生“忙得顾不上吃饭、喝水,搞科研较少”。
为改变这一状况,北京新医改提出,合理划分医疗机构的功能定位,“塔尖”是国家重点学科、临床医学研究中心等。逐步大幅度压缩大医院普通门诊,最终形成“金字塔”型的分级医疗服务体系,遏制“塔尖”大医院盲目扩张的逐利势头,让他们能够代表国家医学最高水平,重点提升科研攻关和人才培养力量。
当然也有医生、医学科研人员认为,我国医学科研发展慢,因为科研条件不够优越等。曹雪涛说: “做科学研究,更多靠智慧,而不是靠条件。”比如我国医学专家发现沙眼衣原体、探索出大面积烧伤救治、断手再植、发现青蒿素等都是世界级贡献。这些研究大部分都是在极其艰苦的条件下进行的。医改对于广大患者而言,无非希望获得更好更便宜的诊疗技术和药品等。希望通过深化医改,让更多医学专家能够通过科研探索发现世界一流的医学技术、药品和医疗器械,缓解“看病贵”,同时在世界医学领域作出更大贡献。